Visi dan misi Dikdasmen Yayasan Badan Wakaf Sultan Agung (YBWSA) adalah untuk mencetak generasi “Khaira Ummah” yang unggul dalam IMTAQ (Iman dan Taqwa) dan IPTEK (Ilmu Pengetahuan dan Teknologi). Dikdasmen YBWSA bertujuan menghasilkan manusia yang beriman, bertaqwa, berakhlak mulia, sehat, berilmu, cakap, kreatif, mandiri, dan menjadi warga negara yang demokratis serta bertanggung jawab. 

Visi Dikdasmen YBWSA :

• Menjadi lembaga pendidikan Islam yang terkemuka dalam menghasilkan generasi “Khaira Ummah”.
• Menciptakan generasi yang menguasai IMTAQ dan IPTEK.
• Mampu menjadi solusi dan rahmat bagi alam sekitarnya.
• Menyelaraskan tujuan pendidikan nasional dengan nilai-nilai Islam. 

Misi Dikdasmen YBWSA :

• Menyelenggarakan pendidikan Islam yang berkualitas dan berstandar internasional.
• Menanamkan nilai-nilai keislaman yang kuat pada seluruh peserta didik.
• Mengintegrasikan IMTAQ dan IPTEK dalam setiap aspek pembelajaran.
• Membentuk karakter siswa yang berakhlak mulia, bertanggung jawab, dan memiliki jiwa kepemimpinan.
• Mempersiapkan siswa untuk menjadi generasi penerus yang mampu berkontribusi positif bagi masyarakat dan bangsa.
• Mengembangkan potensi siswa secara holistik, baik kognitif, afektif, maupun psikomotorik.
• Menciptakan lingkungan belajar yang kondusif dan menyenangkan.
• Membangun kerjasama yang harmonis antara sekolah, orang tua, dan masyarakat.